Nama SMP Katolik Santo Paulus Singaraja diambil dari nama pelindung paroki Gereja Katolik Singaraja yang diawali pada tanggal 1 Agustus 1965. Pada mulanya beralamat di Jl. Baliwerti No.3 (sekarang Jl. Imam Bonjol), Banjar Bali dengan areal sekolah yang belum memadai. Kemudian pada Agustus 1966 pindah ke lokasi baru di Jl. Kartini No.3, sampai saat ini SMP Katolik Santo Paulus merupakan salah satu sekolah dari empat sekolah (TK Santa Maria, SD Karya, dan SMA Santo Paulus) di kota Singaraja yang berada dibawah naungan Yayasan Insan Mandiri (dahulu Yayasan Swastiastu) yang berpusat di Denpasar, Bali, dan juga berada dibawah naungan Keuskupan Denpasar, dengan SK Pendirian No. 975/0/UN/a/YS/1986. Dari mulai beroperasi, tahun 1965 sampai saat ini, tahun 2012, sekolah ini sudah mempunyai 9 Kepala Sekolah yang dimulai dari bapak Thomas Maridjan Koop sebagai Kepala Sekolah yang pertama, sampai dengan Sr. Sophia, S.Sp.S., M.Pd., selaku Kepala Sekolah pada saat ini.